বুয়াইয়া বংশের পতনের পেছনে নানামুখী কারণ নিহিত ছিল ।
বুয়াইয়াদের পতনের প্রধান কারণ ছিল শিয়া-সুন্নী দ্বন্দ্ব । শিয়া মতাবলম্বী বুয়াইয়া সুলতানরা সুন্নি আব্বাসি খলিফাকে তাদের বশ্যতা স্বীকারে বাধ্য করেছিল। শিয়া সুলতানরা খলিফার মতো খুৎবায় তাদের নাম পাঠ, মুদ্রায় নাম অঙ্কিত করা, বিশেষ পোশাক পরিধান করাসহ নানাভাবে নিজেদের বিশেষত্ব প্রকাশ করত। এ কারণে সুন্নি মতাবলম্বীরা অপমানিত হয়ে শিয়া প্রভাবের তীব্র বিরোধিতা করে ।
আব্বাসি খিলাফতের প্রথম দিকে শিয়া বার্মাকি উজির পরিবারের পতনের পর আবার শিয়া-বুয়াইয়া বংশের উত্থান ঘটে। এ সময় 'আব্বাসি প্রশাসনে আরবদের তুলনায় পারসিকদের প্রভাব উত্তরোত্তর বৃদ্ধি পায় । বুয়াইয়া সুলতানদের এরূপ বৈষম্য আরবদের ক্ষুদ্ধ করে তোলে। বুয়াইয়া আমিররা ছিল স্বেচ্ছাচারি, বিশ্বাসঘাতক, স্বার্থান্বেষী, নিষ্ঠুর। তারা বাগদাদের দুর্বল আব্বাসি খলিফাদের রক্ষা করতে এসে যে চরম স্বেচ্ছাচারী ভূমিকা গ্রহণ করে তার তুলনা ইতিহাসে বিরল। নীতিজ্ঞানহীন আজদুদ্দৌলাহ খলিফার সার্বভৌমত্বে চরম আঘাত হানতে একটুও দ্বিধা করেন নি। এক পর্যায়ে তারা রাজ্যের সর্বসময় ক্ষমতা দখল করলে দেশজুড়ে অশান্তি দেখা দেয় । অবশেষে ১০৫৫ খ্রিষ্টাব্দে বুয়াইয়া বংশের পতন হয় ।
উপরের আলোচনা থেকে বোঝা যায়, শিয়া-সুন্নি সংঘাত, আরব-পারসিক দ্বন্দ্ব, বুয়াইয়া আমিরদের নিষ্ঠুরতা' প্রভৃতি কারণে বুয়াইয়া বংশের পতন ঘটে।