বুয়াইয়া বংশের পতনের মূলে বিভিন্ন কারণের পাশাপাশি সেলজুক বংশের উত্থান ছিল অন্যতম ।
আব্বাসিদের দুর্বলতার সুযোগে বুয়াইয়া বংশ প্রতিষ্ঠিত হলেও অল্প সময়ের মধ্যে এ বংশ পতনের দিকে চলে যায়। শিয়া-সুন্নি সংঘাত, আরব-পারসিক দ্বন্দ্ব এবং বুয়াইয়া বংশের পতন ঘটে এবং সেলজুকদের উত্থান ঘটে বুয়াইয়ারা ছিল শিয়া মতাবলম্বীর। কিন্তু আব্বাসিরা ছিল সুন্নি মুসলিম। বুয়াইয়ারা আব্বাসিদের দুর্বলতার সুযোগে সুন্নিদের উপর শিয়া মতাদর্শ চাপিয়ে দিতে চাইলে আব্বাসি রাজনীতিতে শিয়া-সুন্নি দ্বন্দ্ব প্রকট হয়। এসময় আব্বাসি শাসনামলে আরবীয় বার্মাকি উজির পরিবারের চেয়ে পারসিক বুয়াইয়া পরিবারে প্রভাব বৃদ্ধি পেলে তাদের মধ্যে জনরোষ তৈরি হয়। এছাড়া বুয়াইয়া আমিররা ছিল চরম স্বেচ্ছাচারি, বিশ্বাসঘাতক, স্বার্থান্বেষী এবং নিষ্ঠুর । নীতিজ্ঞানহীন বুয়াইয়া শাসক আজদুদৌলা আব্বাসি খলিফার সার্বভৌমত্বে চরম আঘাত হানতে এতটুকু দ্বিধা করেন নি। এক পর্যায়ে তারা রাজ্যের সর্বময় ক্ষমতা দখল করলে দেশজুড়ে অশান্তি দেখা দেয়। বুয়াইয়া আমিরদের অভ্যন্তরীণ কোন্দল ও হিংসাত্মক কার্যকলাপের সুযোগে সেলজুক নেতা তুলি বেগ খলিফা কায়েস বিন বিল্লাহের আমন্ত্রণে বাগদাদে আক্রমণ চালিয়ে বুয়াইয়াদের পরাজিত করে সেলজুক সাম্রাজ্য প্রতিষ্ঠা করেন ।
উপরের আলোচনায় প্রতীয়মান হয় যে, শিয়া মতাবলম্বী বুয়াইয়াদের নানামুখী ভুলের কারণে সুন্নি মতাবলম্বী সেলজুকদের কাছে তাদের পতন ঘটে ।