বিভিন্ন অসংগতির জন্য স্বদেশি আন্দোলন জাতীয় পর্যায়ে সাড়া জাগাতে ব্যর্থ। নিচে বিশ্লেষণ করা হলোঃ বঙ্গভঙ্গ – বিরোধী স্বদেশী আন্দোলন ভারতের জনমানসে গভীর প্রভাব ফেলে। ছাত্র – শ্রমিক – নারীসহ সমাজের নানা শ্রেণির মানুষ সর্বপ্রথম এই সংঘবদ্ধ জাতীয় আন্দোলনে শামিল হন । কিন্তু প্রবল উৎসাহ, উদ্দীপনার সঙ্গে শুরু হয়েও শেষ পর্যন্ত স্বদেশি আন্দোলন গতিহীন হয়ে পড়ে। অন্তর্নিহিত নানা ত্রুটি ও দুর্বলতা এই আন্দোলনকে ব্যর্থ করেছিল। সংগঠনের অভাবঃ স্বদেশী আন্দোলনের পেছনে কোনো কার্যকরী সংগঠন ছিল না । নিষ্ক্রিয় প্রতিরোধ, সমাজ সংস্কার, গঠন মূলক সংস্কার ইত্যাদি কর্মসূচি একটি বিশেষ কেন্দ্র থেকে সুসংগঠিত পথে পরিচালিত না হওয়ায় আন্দোলন ব্যর্থ হয়। অভ্যন্তরীণ দ্বন্দ্বঃ আন্দোলনকারীদের অভ্যন্তরীণ মতভেদ ও দ্বন্দ্ব স্বদেশি আন্দোলনকে দুর্বল করেছিল। স্বদেশি কর্মসূচির প্রশ্নে নরমপন্থী ও চরমপন্থীদের বিরোধ তীব্র রূপ নেয়। নরমপন্থীরা প্রথম থেকেই বয়কটের বিরোধী ছিলেন। পরে তাঁরা বয়কট মেনে নিলেও, এই অস্ত্রের সীমিত প্রয়োগ চেয়েছিলেন। কিন্তু চরমপন্থীরা বয়কটকে সর্বাত্মক করতে আগ্রহী ছিলেন। কৃষি কর্মসূচির অভাবঃ স্বদেশী আন্দোলনের নেতৃত্ব কৃষকদের স্বার্থ – সংক্রান্ত কোনো কর্মসূচি নেয়নি। কৃষকদের দাবিদাওয়া নিয়ে তাদের সংগঠিত করার কোনো প্রয়াস এই আন্দোলনে ছিল না। ড. সুমিত সরকারের মতে, কৃষকদের স্বদেশী আন্দোলনে যুক্ত করার ব্যর্থতা এই আন্দোলনের প্রধান দুর্বলতা ছিল। মুসলমানদের অসহযোগিতাঃ স্বদেশী আন্দোলনের অন্যতম দুর্বলতা ছিল সাধারণ মুসলমান শ্রেণির আন্দোলন থেকে বিচ্ছিন্নতা। বঙ্গ বিভাগ মুসলমানদের স্বার্থের সহায়ক এই তত্ত্ব প্রচারিত হলে মুসলমানরা আন্দোলনের মূল স্রোত থেকে সরে যায় । এ ছাড়া আন্দোলনের নেতারা বাঙালি জাতীয়তাবাদ ও হিন্দু জাতীয়তাবাদ সমার্থক করে তুললে মুসলমানরা হতাশ হন। লিয়াকত হোসেন, আবদুল রসুল, আবদুল হালিম গজনভি প্রমুখ অল্পসংখ্যক জাতীয়তাবাদী মুসলমান স্বদেশী আন্দোলনের নেতৃত্ব দিলেও সাধারণ মুসলিম সমাজ এই আন্দোলন থেকে দূরে ছিল।নেতৃত্বের সংকটঃ ১৯০৭ খ্রিস্টাব্দ থেকে আন্দোলনে নেতৃত্বের সংকট প্রকট হয়। অশ্বিনী কুমার দত্ত · কৃষ্ণ কুমার মিত্রসহ বাংলার নয়জন গুরুত্বপূর্ণ নেতাকে দ্বীপান্তরে পাঠানো হয়।অরবিন্দ ঘোষ সক্রিয় রাজনীতি থেকে সরে যান। এইভাবে নেতৃত্বের সংকট স্বদেশী আন্দোলনকে গতিহীন করে দেয়। পরিশেষে বলা যায় যে, এই ধরণের বিভিন্ন অসংগতির জন্য স্বদেশি আন্দোলন জাতীয় পর্যায়ে সাড়া জাগাতে ব্যর্থ।