উক্ত মামলা অর্থাৎ আগরতলা মামলা বাংলার স্বাধীনতার ইতিহাসে বিশেষ গুরুত্ব বহন করে ।
১৯৬৯ সালে জানুয়ারি, ফেব্রুয়ারি মাসে ছাত্র আন্দোলন ও গণতান্ত্রিক . সংগ্রাম পরিষদের তীব্র আন্দোলনের মুখে আইয়ুব সরকার আগরতলা মামলা প্রত্যাহার করে নেয় এবং রাজবন্দিদের নিঃশর্ত মুক্তি প্রদান করে। এ গণঅভ্যুত্থানের ফলে বাঙালি জাতীয়তাবাদের বিকাশ ঘটে। বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান অপ্রতিদ্বন্দ্বী নেতায় পরিণত হয় এবং ৬ দফা ও ১১ দফা বাংলার জনগণের সত্যিকারের গণদাবিতে পরিণত হয় । উক্ত মামলার বিবাদীপক্ষ বক্তব্যের মধ্য দিয়ে স্বায়ত্তশাসনের দাবি ও এর যৌক্তিকতা প্রচার করার চমৎকার সুযোগ পায়। তারা পূর্ব পাকিস্তানের প্রতি পশ্চিম পাকিস্তানের শাসকগোষ্ঠীর ঘৃণা ও বৈষম্যের কথা সবার কাছে তুলে ধরেন। আগরতলা মামলা প্রত্যাহারের মধ্য দিয়ে সরকারের দুর্বলতা প্রমাণিত হয় এবং সরকার তার গ্রহণযোগ্যতা হারিয়ে ফেলে।
সুতরাং বলা যায়, স্বাধীন-সার্বভৌম বাংলাদেশ প্রতিষ্ঠার পেছনে আগরতলা মামলা বিশেষগুরুত্ব বহন করে।