উদ্দীপকে উল্লেখিত দ্বিতীয় অণুজীবটি হলো ব্যাকটেরিয়া। ব্যাকটেরিয়া হলো একটি অতি সূক্ষ্ম অণুজীব। চিকিৎসাক্ষেত্রে, শিল্পক্ষেত্রে এবং কৃষিক্ষেত্রে এর গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা রয়েছে। যা অর্থনৈতিকভাবে খুবই গুরুত্বপূর্ণ। এটি একদিকে আমাদের যেমন ব্যাপক ক্ষতি করে অপরদিকে বিভিন্ন ক্ষেত্রে অনেক উপকারও সাধন করে। নিচে কৃষিক্ষেত্রে ব্যাকটেরিয়ার গুরুত্ব বিশ্লেষণ করা হলো-
মাটির উর্বরতা বৃদ্ধিতে : মাটির উর্বরতা বৃদ্ধিতে ব্যাকটেরিয়ার অবদান অনেক। মাটির জৈব পদার্থ সঞ্চয়ে ব্যাকটেরিয়া প্রধান ভূমিকা পালন করে । নানাবিধ আবর্জনা হতে পচন প্রক্রিয়ার মাধ্যমে ব্যাকটেরিয়া জৈব সার ও জৈব গ্যাস প্রস্তুত করে থাকে।এ জৈব সারের মাধ্যমে ম্যাটির উর্বরতা বাড়ে এবং ফসল ভালো হয়।
নাইট্রোজেন সংবন্ধনে: Azotobacter, Pseudomonas, Clostridium প্রভৃতি ব্যাকটেরিয়া বায়ু হতে নাইট্রোজেন গ্রহণ করে নাইট্রোজেন যৌগ পদার্থ হিসেবে মাটিতে স্থাপন করে, ফলে মাটির উর্বরতা বৃদ্ধি পায়। Rhizobium ব্যাকটেরিয়া শিম জাতীয় উদ্ভিদের মূলের নডিউলে নাইট্রোজেন সংবন্ধন করে থাকে।
নাইট্রিফিকেশন : অ্যামোনিয়া নাইট্রেট-এ পরিণত করাকে নাইট্রিফিকেশন বলে ।যেসব ব্যাকটেরিয়া নাইট্রিফিকেশন করে তাদের নাইট্রিফাইং ব্যাকটেরিয়া বলা হয় ।যেমন- Nitrobacter.
পতঙ্গনাশক হিসেবে : কিছু ব্যাকটেরিয়া বিভিন্ন প্রকার পতঙ্গ নিয়ন্ত্রণে ব্যবহার করা হয়,যেমন- Bacillus thuringiensis.
পশু খাদ্য বা সিলেজ তৈরি : পশুখাদ্য হিসেবে ব্যবহৃত খড় জাতীয় পদার্থকে খণ্ড খণ্ড করে কেটে পানি মিশ্রিত করে Lactobacillus sp এর কার্যকারিতায় পশুখাদ্য বা সিলেজ তৈরি হয়। Yeast মিশ্রিত খাদ্য খাওয়ালে গাভীর দুধের গুণগত মান বৃদ্ধি পায়।
ফলন বৃদ্ধিতে : কিছু বিশেষ ব্যাকটেরিয়া প্রয়োগ করে ধানের উৎপাদন এবং গমের উৎপাদন বেড়েছে ।
সুতরাং বলা যায়, কৃষিক্ষেত্রে ব্যাকটেরিয়ার ভূমিকা অপরিসীম।