উদ্দীপকে উল্লিখিত নিয়ন্ত্রিত অবস্থায় পরাগায়ন ঘটিয়ে বর্তমান জাতের ফসল হতে উন্নত জাতের ফসল উদ্ভাবন প্রক্রিয়া বলতে মূলত কৃত্রিম সংকরায়ন প্রক্রিয়ার কথা বলা হয়েছে। নিম্নে প্রক্রিয়াটি সংক্ষেপে বর্ণনা করা হলো-
প্রজনক নির্বাচন, ইমাস্কুলেশন, ব্যাগিং, পরাগরেণু সংগ্রহ ও সংরক্ষণ, ক্রসিং, লেবেলিং, পরিপক্ক বীজ সংগ্রহ ও জনু সৃষ্টি প্রভৃতি ধাপ অতিক্রমের মাধ্যমে এ প্রক্রিয়াটি সম্পন্ন হয়।
কৃত্রিম সংকরায়নের শুরুতেই এমন প্রজনক নির্বাচন করতে হবে যাদের ভালো বৈশিষ্ট্য প্রচলিত জাতে অনুপস্থিত। অনাকাঙ্ক্ষিত বৈশিষ্ট্য দূরীকরণের জন্য প্রজনকের স্বপরাগায়ন করা হয়। মাতৃপুষ্প উভলিঙ্গ হলে তার স্বপরাগায়ন রোধের জন্য পরিপক্ক হওয়ার আগেই পুষ্প থেকে পুংকেশর সরিয়ে ফেলাকে বলা হয় ইমাস্কুলেশন। স্ত্রী হিসেবে ব্যবহৃত প্রজনকের স্বপরাগায়ন রোধের জন্য ইমাস্কুলেশন করা হয়। ইমাস্কুলেশনের পর নির্বাচিত প্রজনক উদ্ভিদের পুষ্পিত অংশ পাতলা পলিথিন বা কাগজের ব্যাগ দিয়ে ঢেকে দিতে হয়। একে ব্যাগিং বলে। ব্যাগকৃত পুংফুল ফোটার পর পরাগরেণু বা পরাগধানী পেট্রিডিস বা কাগজের ব্যাগে সংগ্রহ করা হয়। সংগৃহীত পরাগধানী ইমাস্কুলেশনকৃত ফুলের গর্ভমুণ্ডে নরম তুলির সাহায্যে ঘসে দিয়ে ক্রসিং করা হয়। ক্রসিং করার পর ফুল ব্যাগ দিয়ে পুনরায় ঢেঁকে দেওয়ার পর একটি ট্যাগ আটকে দেয়া হয়। বীজ পরিপক্ক হলে লেবেলসহ কাগজের প্যাকেটে বীজ সংগ্রহ করা হয়। সংগৃহীত বীজ পরবর্তী মৌসুমে বপন করে নতুন জনু সৃষ্টি করা হয়।