উদ্দীপকে উল্লিখিত প্রোটিন জাতীয় পদার্থটি হলো অ্যান্টিবডি। দেহে প্রবেশিত জীবাণু নিষ্ক্রিয় করতে এটি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। অ্যান্টিবডির কাজের পদ্ধতিকে ৩টি প্রধান শিরোনামভুক্ত করা যায়। যথা: অ্যান্টিজেনের বিরুদ্ধে প্রত্যক্ষ আক্রমণ, কমপ্লিমেন্ট প্রোটিন সক্রিয়করণ এবং সংক্রমণের বিস্তার প্রতিরোধ।
i. অ্যান্টিজেনের বিরুদ্ধে প্রত্যক্ষ আক্রমণ: রোগ সৃষ্টিকারী বহিরাগত অণুজীবকে সরাসরি আক্রমণ করে নিশ্চিহ্ন করা অন্যতম প্রধান কার্যপদ্ধতি। এর মধ্যে একটি হলো অ্যাগুটিনেশন বা স্তূপীকরণ। এ পদ্ধতিতে রক্তে বা লসিকায় সুনির্দিষ্ট অ্যান্টিজেন ও অ্যান্টিবডির মধ্যে বিক্রিয়ার ফলে রোগ সৃষ্টিকারী বহিরাগত অণুজীব দলা পাকিয়ে নিশ্চল ও নিষ্ক্রিয় হয়ে পড়ে। এছাড়া অধঃক্ষেপন, প্রশমন ও বিশ্লিষ্টকরণ প্রক্রিয়ায় জীবাণুকে অ্যান্টিবডি সরাসরি আক্রমণ করে নিষ্ক্রিয় করে ফেলে।
ii. কমপ্লিমেন্ট প্রোটিন সক্রিয়করণ: দেহে অনুপ্রবিষ্ট ব্যাকটেরিয়ার গায়ে অ্যান্টিবডি-অ্যান্টিজেন কমপ্লেক্স যুক্ত হলে কমপ্লিমেন্ট সিস্টেমের অন্ত্যর্ভুক্ত একটি প্রোটিন, নিউট্রোফিল ও ম্যাক্রোফেজকে প্রচন্ডভাবে ফ্যাগোসাইটোসিসে উদ্বুদ্ধ করে তোলে। এ প্রক্রিয়াকে অপসোনাইজেশন বলে। এছাড়া কমপ্লিমেন্ট সিস্টেম লাইটিক কমপ্লেক্স গঠন করে জীবাণুকে সরাসরি বিনষ্ট করে। এই সিস্টেমের কিছু প্রোটিন ফ্যাগোসাইট কোষ যেমন: নিউট্রোফিল, ম্যাক্রোফেজকে ক্ষতস্থানে ধাবিত করতে উদ্বুদ্ধ করে। এভাবে রাসায়নিক সংবেদের প্রতি সাড়া দেয়াকে কেমোট্যাক্সিস বলে। এছাড়া মাস্টকোষ ও বেসোফিলের সক্রিয়করণের মাধ্যমে দেহের প্রতিরক্ষা ব্যবস্থা দৃঢ় রাখে।
iii. সংক্রমণের বিস্তার প্রতিরোধ: কিছু অ্যান্টিবডি বিশেষ করে IgE প্রদাহ সাড়ার বিষয়টি ত্বরান্বিত করে। ফলে বহিরাগত জীবাণু আর ছড়াতে পারে না।
উপরোল্লিখিত আলোচনার মাধ্যমে, স্পষ্টতই প্রতীয়মান হয় যে, উদ্দীপকে উল্লিখিত প্রোটিন জাতীয় পদার্থটি অর্থাৎ অ্যান্টিবডি জীবাণু ধ্বংসে অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে।