পাকিস্তানের উভয় অংশের মধ্যে প্রশাসনিক ক্ষেত্রেও বৈষম্য ছিল-প্রশ্নোক্ত এ মন্তব্যটি যথার্থ।
প্রশাসনিক বৈষম্য হলো সরকারি ও বেসরকারি প্রশাসনিক ব্যবস্থায় বিদ্যমান অসাম্য, যেখানে ক্ষমতা, সুযোগ-সুবিধা নীতিমালার ক্ষেত্রে পক্ষপাতমূলক আচরণ করা হয়। তৎকালীন পশ্চিম পাকিস্তানের নীতিমালা ছিল পক্ষপাতমূলক। যার ফলে পাকিস্তানের উভয় অংশের মধ্যে প্রশাসনিক ক্ষেত্রেও বৈষম্য ছিল।
প্রশাসনিক ক্ষেত্রে পাকিস্তানের চালিকাশক্তি ছিল সিভিল সার্ভিস কর্মকর্তাগণের নিকট। ১৯৬২ সালে পাকিস্তানে যে মন্ত্রণালয় গঠিত হয় তার বেশিরভাগ শীর্ষ স্থানীয় কর্মকর্তা পশ্চিম পাকিস্তানের ছিলেন। ১৯৫৬ সালের' পাকিস্তানের কেন্দ্রীয় সরকারের ৪২,০০০ কর্মকর্তার মধ্যে মাত্র ২৯০০ জন কর্মকর্তা বাঙালি ছিলেন। যা প্রশাসনিক ক্ষেত্রে চরম বৈষম্যের প্রকাশ ঘটায়। এছাড়াও ১৯৪৭ এ পাকিস্তানের রাজধানী করাচিতে হওয়ায় সকল সরকারি অফিস-আদালতে পশ্চিম পাকিস্তানিরা ব্যাপক হারে চাকরি লাভ করে। ১৯৫৬ সালের পূর্ব পর্যন্ত বাংলা ভাষাকে প্রশাসনিকভাবে কোনো গুরুত্ব দেওয়া হয়নি, যা স্পষ্টত পশ্চিম পাকিস্তান কর্তৃক পূর্ব পাকিস্তানের ওপর প্রশাসনিক বৈষম্যের চিত্র তুলে ধরেছে।
সুতরাং, উপর্যুক্ত আলোচনার প্রেক্ষিতে বলা যায় যে, পাকিস্তানের উভয় অংশের মধ্যে প্রশাসনিক ক্ষেত্রেও বৈষম্য ছিল।