উদ্দীপকের ঘটনা-১ এ নির্দেশিত বিষয়টি বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা নির্দেশিত হয়েছে। নিচে বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যার সীমাবদ্ধতা বর্ণনা করা হলো-
১. পরম নিয়ম বা মৌলিক নিয়মের বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না। মৌলিক নিয়ম হলো সর্বোচ্চ নিয়ম। এ নিয়মের চেয়ে উচ্চতর কোনো নিয়ম নেই বিধায় পরম নিয়মকে অন্যকোনো নিয়মের অন্তর্ভুক্ত করা যায় না। তাই পরম নিয়মের বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না।
২. চেতনার মৌলিক অবস্থার বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না। চেতনার মৌলিক অবস্থার প্রকৃতি এমন যে, এসব চেতনাকে সাদৃশ্যের ভিত্তিতে পরস্পরের সাথে সংযুক্ত করা যায় না। তাই চেতনার মৌলিক অবস্থার বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না।
৩. বিভিন্ন প্রকার মৌলিক মানসিক অনুভূতির বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না। কেননা এসব মানসিক অনুভূতি একক ও অনন্য। তাই এদের একটিকে অন্যটির সাথে যুক্ত করা যায় না। এজন্য মৌলিক মানসিক অনুভূতির বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা সম্ভব নয়।
৪. জড় পদার্থের মুখ্য গুণের বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না। জড় পদার্থের মুখ্য গুণ হলো আকার, আকৃতি, বিস্তৃতি, গতি ইত্যাদি। এসব গুণ পদার্থের নিজস্ব গুণ বিধায় এদের ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না।
৫. স্রষ্টা, আত্মা, অমরত্ব ইত্যাদির বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না। কেননা এসব বিষয়কে অনুরূপ কোনো বিষয়ের অন্তর্ভুক্ত করা যায় না। তাই এসব বিষয়ের বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না।
পরিশেষে বলা যায়, কোনো বিষয়ের বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা প্রদান করার জন্য কতকগুলো নিয়ম অনুসরণ করতে হয়। কিন্তু এমন অনেক বিষয় আছে যেসব ক্ষেত্রে ঐ নিয়মগুলো অনুসরণ করা সম্ভব হয় না। তাই যেসব ক্ষেত্রে বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যার নিয়ম প্রয়োগ করা যায় না, যেসব ক্ষেত্রে বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা দেওয়া যায় না।