বিশ্বের অন্যান্য অঞ্চলের মতো দক্ষিণ এশীয় অঞ্চলও সমস্যামুক্ত নয়। সার্কভুক্ত দেশসমূহের মধ্যে ভারত-পাকিস্তান, ভারত-শ্রীলঙ্কা, বাংলাদেশ-ভারত প্রভৃতি দেশগুলোর মধ্যে দ্বিপাক্ষিক সমস্যা বিদ্যমান। সার্কের গঠন কাঠামোতে দ্বিপাক্ষিক সমস্যাগুলো আলোচনার সুযোগ নেই। তাই অতীতে বেশ কয়েকবার সার্কভুক্ত রাষ্ট্রসমূহের দ্বিপাক্ষিক সমস্যার জন্য সার্ক সম্মেলন স্থগিত হয়েছে। তবে সার্ক কাঠামোর অভ্যন্তরে যদিও দ্বিপাক্ষিক বিষয়গুলো আলোচনার সুযোগ নেই তথাপি সার্ক সর্বদাই দ্বিপাক্ষিক আলোচনার বিকল্প সুযোগ করে দিচ্ছে। যা সার্কের অন্তর্নিহিত ইতিবাচক দিক। যেখানে কোনো রাষ্ট্রীয় সফরের জন্য আলাদাভাবে আয়োজন করতে হয়। সেখানে সার্কের শীর্ষ সম্মেলন উপলক্ষে রাষ্ট্রপ্রধানরা একত্রিত হয়। তারা সার্কের বদৌলতে দ্বিপাক্ষিক বিষয়গুলো নিয়ে এক বা একাধিক ইনফরমাল আলোচনার সুযোগ পেয়ে থাকে। এই সুযোগকে কাজে লাগিয়ে ভারত-পাকিস্তান, ও ভারত- শ্রীলংকার মধ্যে বেশকিছু দ্বিপাক্ষিক আলোচনা হয়েছে। এমনকি সার্কের অধিবেশন চলাকালীন সময়ে ভারত-বাংলাদেশ একাধিকবার এ রকম দ্বিপাক্ষিক আলোচনার আয়োজন করেছে। যার ফলে সার্কের মাধ্যমে দ্বিপাক্ষিক সমস্যার সমাধান সম্ভবপর হয়েছে। সুতরাং, উপরিউক্ত আলোচনার প্রেক্ষিতে বলা যায় যে, কাঠামোগত সীমাবদ্ধতার কারণে যদিও সার্ক সরাসরি দ্বিপাক্ষিক সমস্যা সমাধানের জন্য সম্মেলন আয়োজন করতে পারে না তথাপি পরোক্ষভাবে দ্বিপাক্ষিক সমস্যা সমাধানকল্পে সার্কের অবদান অপরিসীম।