পুত্রদের মধ্যে যুদ্ধের কারণে শাহজাহানের শেষ জীবন সুখের ছিল না। ১৬৫৭ খ্রিষ্টাব্দে শাহজাহান অসুস্থ হয়ে পড়লে গুজব রটল যে, সম্রাট মৃত্যুবরণ করেছেন। কিন্তু এক সপ্তাহ পরে শাহজাহান ঝরোকায় দর্শন দিলে জনগণ শান্ত হয়। কিন্তু ক্ষমতালিপ্স তার চার পুত্রের মধ্যে সিংহাসনকে কেন্দ্র করে সংঘর্ষ বেঁধে যায়। দুরারোগ্য রোগে আক্রান্ত হয়ে শাহজাহান তার জ্যেষ্ঠপুত্র দারাকে উত্তরাধিকারী মনোনীত করেন। দারাশিকো পিতার অসুস্থতার সময় রাজধানীতে শয্যাপাশে ছিলেন এবং তিনি রাজকার্য পরিচালনা করতে থাকেন। কিন্তু দারার রাজোচিত ব্যবহার এবং ক্ষমতাগ্রাসে অপরাপর ভ্রাতাগণ বিক্ষুব্ধ হয়ে উঠেন। অতঃপর শাহজাহান আওরঙ্গজেবের হাতে বন্দি হয়ে শেষ জীবন অতিবাহিত করেন। ফলে তার শেষ জীবন সুখের হয় নি।