সম্রাট হুমায়ুন অদূরদর্শিতা, রণ দক্ষতার অভাব, ভাইদের অসহযোগিতা ও আত্মীয়স্বজনের বিশ্বাসঘাতকতাসহ নানা কারণে শেরশাহের নিকট পরাজিত হন।
সম্রাট হুমায়ুনের পরাজয়ের একাধিক কারণ ছিল। পিতার অন্তিম ইচ্ছানুযায়ী দেশকে ভাইদের মধ্যে ভাগ করে দিয়ে হুমায়ুন কাবুল ও কান্দাহার হতে সৈন্য সংগ্রহের উৎস হারিয়েছিলেন। ভাইদের শত্রুতা, বিশ্বাসঘাতকতা ও অসহযোগিতা ছিল তার পরাজয়ের অন্যতম কারণ। সম্রাট হুমায়ুন শেরশাহের সাথে লড়াইয়ের দুর্দিনে আপনজন ও ভাইদের কোনো সহযোগিতা পাননি। যার ফলে আফগান শত্রুদের বিরুদ্ধে তিনি একা পেরে উঠেননি। এছাড়া হুমায়ুনের সামরিক ও রাজনৈতিক দূরদৃষ্টির অভাব ছিল। পক্ষান্তরে, শেরশাহ ছিলেন সুদক্ষ সেনাপতি ও সমরকৌশলী। শেরশাহকে তাড়া করতে এসে গৌড়ে হুমায়ুনের কালক্ষেপণের ফলে শেরশাহ নানাভাবে শক্তি সঞ্চয় করেছে। ঐতিহাসিকেরা মুঘল-আফগান সংঘর্ষে সম্রাট হুমায়ুনের পরাজয় ও রাজ্য হারানো এবং শেরশাহের সাফল্যের মূলে নানা কারণ ছিল বলে মনে করেন।
হুমায়ুনের সেনাবাহিনী নানা জাতিগোষ্ঠীর সমন্বয়ে গঠিত ছিল। এ বাহিনীর সাংগঠনিক ভিত্তি দুর্বল ছিল। তদুপরি তাদের মধ্যে শৃঙ্খলা, সংহতি ও নিয়মানুবর্তিতার অভাব ছিল। মুঘল সেনাবাহিনীর এ দুর্বলতা ছিল হুমায়ুনের পরাজয়ের অন্যতম কারণ। শেরশাহ ছিলেন হুমায়ুনের সম্পূর্ণ বিপরীত চরিত্রের মানুষ। তিনি ছিলেন সমকালের অন্যতম দূরদর্শী রাজনীতিবিদ। হুমায়ুন অপেক্ষা তিনি ছিলেন রণঅভিজ্ঞ একজন সেনাপতি। সামরিক কলাকৌশল ও শক্তিমত্তায় তিনি হুমায়ুনের অপেক্ষা অনেক ঊর্ধ্বে ছিলেন। সামরিক বাহিনী গঠন ও পরিচালনায় তার যথেষ্ট অভিজ্ঞতা ছিল। অন্যদিকে, হুমায়ুনের ব্যক্তিগত বীরত্বের দু-একটি উদাহরণ থাকলেও সামরিক বাহিনী গঠনে তিনি ছিলেন সম্পূর্ণ ব্যর্থ। হুমায়ুন এবং শেরশাহের এ বিপরীত অবস্থান হুমায়ুনের পরাজয়ের মূলে যথেষ্ট ভূমিকা রেখেছিল।
পরিশেষে বলা যায়, হুমায়ুন রাজনৈতিক 'প্রতিভার অভাব, অক্ষমতা দুর্বল সেনাবাহিনী, ভাইদের অসহযোগিতা সর্বোপরি শেরশাহের রণকৌশলের জন্য পরাজয় বরণ করেন।