মুঘল আফগান যুদ্ধের ফলাফল ছিল সুদৃঢ়প্রসারী। কেননা এ যুদ্ধের ফলেই মুঘলরা দীর্ঘ ১৫ বছর রাজ্যহারা ছিল।
মুঘল সাম্রাজ্যের প্রতিষ্ঠাতা বাবরের জ্যেষ্ঠ পুত্র ছিলেন হুমায়ূন। তার নামের অর্থ সৌভাগ্যবান হলেও তার নাম কখনো তার সাথে সুবিচার করেনি। সিংহাসনে আরোহণ করে তিনি আত্মীয়-স্বজন ও ভাইদের বিরোধিতার সম্মুখীন হন। এমনকি প্রয়োজনীয় মুহূর্তে তাদের সাহায্য লাভ করেননি। ফলে হুমায়ুন চৌসা ও কনৌজের যুদ্ধে আফগান দলপতি শেরশাহের নিকট পরাজিত হয়ে রাজ্যহারা হন। যার দরুন মুঘল শাসনের ধারাবাহিকতায় একটি ছেন টেনে শেরশাহ ভারতে শুরু আফগান বংশের শাসনের সূত্রপাত করেন। উদ্দীপকেও এ বিষয়টির প্রতিফলন লক্ষ করা যায়।
পানিপথের প্রথম যুদ্ধের মধ্য দিয়ে মুঘল আফগান দ্বন্দ্বের সূত্রপাত হয়। ১৫২৬ সালে বাবর আফগান সেনাপতি ইব্রাহিম লোদিকে পরাজিত করে ভারতে মুঘল সাম্রাজ্য প্রতিষ্ঠা করেন। সম্রাট হুমায়ুনের সময় এ দ্বন্দ্ব চরম আকার ধারণ করে। সম্রাট হুমায়ুনের সময় আফগানরা সাম্রাজ্যে বিশৃঙ্খলা সৃষ্টি করে। এর ফলে হুমায়ুন আফগান নেতা শেরশাহের বিরুদ্ধে অভিযান প্রেরণ করেন। কিন্তু ভ্রাতৃবিদ্রোহ, আত্মীয়স্বজনদের শত্রুতা ও ব্যক্তিগত দুর্বলতার কারণে ১৫৩৯ খ্রিষ্টাব্দে চৌসার যুদ্ধে এবং ১৫৪০ খ্রিষ্টাব্দে কনৌজ বা বিলগ্রামের যুদ্ধে পরাজিত হন। ভারতের ইতিহাসে কনৌজ বা বিলগ্রামের যুদ্ধকে অন্যতম মীমাংসাত্মক যুদ্ধ হিসেবে গণ্য করা হয়। বস্তুত ভারতবর্ষে প্রাধান্য প্রতিষ্ঠাকে কেন্দ্র করে বিগত কয়েক বছর ধরে মুঘল- আফগান যে প্রতিদ্বন্দ্বিতা চলছিল এ যুদ্ধের মাধ্যমে তার নিষ্পত্তি হয়। ফলে ভারতে সাময়িকভাবে মুঘল সাম্রাজ্যের অবসান ঘটে এবং পুনরায় আফগান সাম্রাজ্য প্রতিষ্ঠিত হয় । হুমায়ুন সিংহাসনচ্যুত হয়ে ১৫৫৫ খ্রি. পর্যন্ত অসহায় পলাতকদের মতো দেশ-দেশান্তরে ঘুরে বেড়ান ।
সার্বিক আলোচনায় পরিপ্রেক্ষিতে বলা যায়, বাবরের প্রতিষ্ঠিত মুঘল সাম্রাজ্যের একটি যতি চিহ্ন এঁকে শেরশাহের নেতৃত্বে আফগানরা সম্রাট হুমায়ুনকে রাজ্যহারা করিয়ে দীর্ঘ ১৫ বছর শাসন করেন তা ভারতীয় রাজনৈতিক ইতিহাসে একটি উল্লেখযোগ্য ঘটনা।